Gegründet wurde der Verein „Hohenlinden 2000 e.V.“ am 25. Juli 1996 im Gasthof zur Post, um für das bevorstehende 200-jährige Gedenken an die Schlacht von Hohenlinden im Dezember 2000 eine angemessene Feier zu planen. Zum Vorsitzenden wurde Alfons Nagl und zum 2. Vorsitzenden Bürgermeister Ludwig Maurer gewählt.
Neben der Organisation der Feier zur 200-jährigen Wiederkehr der Schlacht von Hohenlinden war und ist es eine zentrale Aufgabe des Vereins durch Veranstaltungen und Begegnungen bei der einheimischen Bevölkerung Interesse an der Geschichte Hohenlindens zu wecken.
Wesentliche Projekte dazu waren, die Errichtung eines Denkmals in Hohenlinden, die Gründung und Weiterentwicklung des Museums und die Aufstellung eines Obelisks in Mittbach, an der Stelle, wo die Vermessung Bayerns Anfang des 19. Jahrhunderts kurz nach der Schlacht von Hohenlinden begann.
Nach dem Tod von Alfons Nagl am 9. Juni 2010 übernahm Martin Hubner den Vorsitz des Vereins Hohenlinden 2000.